為改善及簡化藥劑部繁重的工作量，醫管局自1996年起已推行「醫生直輸處方系統」，全面取代傳統的醫生手寫處方，避免由藥劑部人員詮釋醫生的手稿可能發生的處方資料欠全、誤會、輸入錯誤等問題，同時亦減省與醫生澄清的時間。而該系統所匯集的電子化處方資料，亦方便日後的資料共享與分析。這系統已於2003年在所有門診部門推行。

引進科技 加強效率
　　為進一步提高用藥安全及減少配藥程序的延誤，醫管局自2005年起，於「醫生直輸處方系統」內逐步增新各種臨床智能警示，包括藥物敏感警示功能，醫管局日後亦會陸續增新系統警示功能至包括藥物不良反應、相互作用及劑量水平等，進一步保障病人的安全。
　　醫管局亦由1998年起選擇了一些高流量的專科藥房來推行「快速配藥系統」，系統的特色是應用生產線的概念，將配藥的流程由傳統的串流模式，將傳統藥劑部內的每人獨立處理一張處方內所有藥物的程序，轉化成並列模式，即是多人合作處理一張處方，更配合自動化科技，利用機器處理部分配藥工作，透過資訊科技確保流程內每一步驟的安全。

重整人手 加強藥物輔導
　　自動化科技承接了部分的配藥工作量，不單直接縮減了病人的輪候時間，亦為藥房提供了人手調度的機會，為病人提供更全面的服務，例如藥物輔導工作。
　　事實上，藥物治療發展至今，藥物的種類、劑型愈來愈多。香港的人口整體老化，專科病人往往需要服用或使用好幾種藥物以控制病情。醫管局相信，盡快將藥物送交病人手上只是藥劑服務最簡單的層次，更為重要的是教導病人正確用藥，明白藥物的作用與副作用及儲存方法等。因此，在採取措施紓緩人手壓力的同時，局方也將人手投放到藥物輔導服務方面。
　　醫管局在一些專科藥房，推行了用藥依從性輔導計劃，為有需要的病人安排與藥劑師面談，讓病人全面了解其藥物治療。

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